鼻窦气压伤的发病机理主要是由人体鼻窦正常的生理解剖结构及外界的气压变化决定的。

人体正常的鼻窦口平时是保持开放状态的，但是外界的气压因为高度变化等因素发生了巨大的变化时，外界的气压通常就会明显地高于鼻窦腔内的气压，而此时如果鼻窦口由于本身患有的急慢性鼻炎、鼻息肉等疾病，导致窦口不能正常开放，鼻窦内的通气功能就会受到阻碍，外界高压的空气进入到鼻窦内，就无法通过排出空气实现气压的平衡。

持续性的外界压力以及鼻窦腔内的压力失衡，就会引发鼻窦气压伤的情况出现。