直肠镜可以检查出内痔、外痔、混合痔、肛裂、直肠肿瘤、炎症疾病等距离肛缘15cm以内的肛门直肠疾病。

直肠镜还可以检查引起肛门直肠症状的各种疾病，如原因不明的便血、黏液脓血便、慢性腹泻、习惯性便秘或大便习惯不规则者。原因不明的肛门部、会阴部或骶尾部疼痛，肛门直肠内怀疑有肿块或者需要取组织标本做病理检查。

直肠镜检查的禁忌证有肛门狭窄、慢性感染、肛管疼痛或妇女月经期间。