三个月宝宝吐奶有酸味，考虑是奶液没有被完全消化吸收所致，与宝宝的消化系统发育不完善、脾胃功能虚弱有关。

如果存在母乳喂养的母亲也是不健康，配方奶粉配比比例过浓，或者宝宝受凉刺激等不良因素，都可能导致三个月宝宝出现胃内积食、吐奶有酸味儿、腹部胀满、排便次数减少等消化不良症状。

建议家长要加强宝宝的日常护理，调节好室内温度，避免宝宝受凉刺激；同时，母亲要养成良好的饮食习惯，奶粉配比要合理，以免宝宝出现消化不良的情况，影响正常的生长发育。