体温不到36℃头疼的原因，大致如下：

1.考虑是因为体温比较低，体内热量较少。大脑血管呈现痉挛性收缩状态，干扰了大脑神经的正常生理功能，表现出头疼症状。

2.考虑是因为低血压导致。由于机体处于低体温状态，导致血液循环障碍。血管内压力降低，出现低血压症状，表现出头疼不适。

3.还有可能是因为低血糖反应导致。由于体内热量减少，导致糖分的正常代谢功能障碍。影响了大脑供血、供氧，表现出头疼症状。建议及时查找原因，遵医嘱给予对症治疗。