口服药治疗肛周脓肿也有一定的副作用，任何的口服药物都会有副作用。由于肛周脓肿为感染性疾病，所以其口服药以抗生素为主，抗生素主要的副作用为过敏，肝肾功能的损害，胃肠道反应等。

而其实口服药治疗肛周脓肿最大的副作用就是并无法根治肛周脓肿，口服药能够控制炎症，可以控制肛周脓肿局部的肿痛症状，但并无法完全治愈肛周脓肿。

肛周脓肿最终都需要通过手术治疗才能完全治愈。目前在临床上肛周脓肿大多采取一次性根治手术。