射精时睾丸疼可能是性生活过频，导致睾丸局部处于充血状态，射精的时候会发生睾丸疼痛。也有可能是性生活的时候动作比较粗暴，性生活时间过长会造成局部的组织发生收缩、痉挛，在射精时会发生牵涉疼痛，通过休息、暂停性生活疼痛感会逐渐消失。

也考虑是由于炎症所致，例如睾丸炎、附睾炎，由于炎症刺激局部的组织充血经常水肿，射精的时候也会出现牵涉疼痛，严重时会引起排血精。

另外，睾丸肿瘤、睾丸受到外伤也可出现射精时睾丸疼痛。可以做睾丸超声检查确定一下具体病因。