稽留流产发生的原因大多是因为胚胎自身的质量不好而导致的。是胚胎自身染色体发生突变，而导致的胚胎停育，是属于优胜劣汰。

稽留流产或者是自然流产的发生，本身就会存在一个比较大的几率，达到16%左右。也有一部分稽留流产的发生是和夫妻双方的染色体有关，是和精子或者卵子的质量不好有关。

也有一部分稽留流产的发生是因为母体方面存在有生殖器解剖结构异常，或者是存在有血栓前状态、血糖过高，或者是各种病毒感染，或者内分泌异常、免疫功能异常等问题而导致的。