小檗碱是临床上常用于治疗肠道感染的治疗药物，属于肠胃炎用药。这种药物的主要功效为，对大肠杆菌和痢疾杆菌引起的肠道感染治疗，有很好的效果，但是对其他细菌只有微弱的抑菌作用。另外，其对肺炎球菌和结核杆菌等，也有一定的抑菌作用。

小檗碱的不良反应相对较少，有少部分患者用药后，可能有反胃、恶心等胃肠道反应，大多通过避免空腹服药可以缓解。

不过服用这种药物需要注意，其不能和一些含鞣质类的中药共同使用。否则会形成难溶性鞣酸盐沉淀，会降低药物作用和疗效。