小儿直肠脱垂的病因有营养不良小儿，坐骨直肠窝内脂肪消失，使直肠失去周围支持固定作用，括约肌群收缩力也减弱，直肠容易自肛门口脱出。肛提肌和骨盆底部肌肉的支持力较弱。骶骨弯曲度未形成。经常便秘、腹泻、百日咳、包茎及膀胱结石、长期慢性咳嗽等疾患使腹内压长期增高或突然增高，均可促成直肠脱垂。有些疾病(如腰骶部脊髓脊膜膨出)或损伤(包括意外和手术损伤)造成括约肌及直肠周围肌肉功能或神经功能障碍者，直肠失去支持，腹压增高即可发生直肠脱垂。