肛门两侧疼可能是以下一些原因所导致的：

首先，肛周炎。由于肛门周围皮肤出现感染所引发的，会导致皮肤红肿，严重的会引发糜烂甚至溃疡，会伴有肛门两侧疼痛的症状，而且还会伴有肛周潮湿。

其次，肛周湿疹以及皲裂等。属于肛门周围变态反应性皮肤病，也会并发真菌感染，导致肛门两侧疼痛的症状。

再次，肛周化脓感染性疾病。一些范围比较广的肛周脓肿，例如马蹄状肛周脓肿也会导致肛门两侧疼痛，而且疼痛剧烈。

另外，也有可能是痔疮、肛瘘等疾病所引发。患者需要去医院就诊，明确原因后再采取相应的治疗。