做头部核磁共振检查的副作用大概有以下几方面：

一、由于核磁共振检查的空间比较密闭，检查的时间也比较长，所以有一些患者会有一定恐惧感，间接地导致血压有所升高或者是心率加快，但这都是暂时性的，一般检查之后都能够恢复。

二、在检查的过程中机器的噪音是比较大的，所以有些患者会感到耳部的不适，可以在检查之前用专用的耳塞来堵住耳朵，减轻这种不适感。

三、在检查的过程中，人体的体温会升高1℃左右，所以有的患者可能会出现轻度的发热，也都是一过性的。