背部一阵一阵的疼与肾囊肿可能有关系，但是也可能无关，因为这并不是一一对应的必然关系。肾囊肿是一种肾脏的结构异常的疾病，有的肾囊肿是没有任何的临床表现多于查体的时候发现。

但有的肾囊肿会伴随背部的一个间歇性的疼痛感，也就是一阵一阵的疼痛，但是背部的一阵一阵的疼痛也不能排除为其他疾病所致，如冠心病、急性冠脉综合征、腰部扭伤、泌尿系统的结石等。

在出现背部疼痛时，一定要对各种疾病进行排除，比如要进行心电图、心脏彩超、心肌酶谱、泌尿系超声等并根据病情积极治疗。