阴道的微生态是由阴道微生物群宿主的内分泌系统，阴道的解剖结构以及阴道局部免疫系统共同组织的生态系统系统。正常阴道内虽然有多种微生物的存在，但是这些微生物与宿主阴道之间相互依赖相互制约，达到动态的生态平衡并不致病。

在维持阴道微生态平衡的因素中，雌激素局部的ph值、乳酸杆菌以及阴道粘膜起到免疫系统，起到重要的作用。当阴道微生态平衡打破，则有可能会导致引导感染的发生。雌激素水平低下的婴幼儿以及绝经后的人群，可以发生婴幼儿外阴炎以及萎缩性阴道炎。阴道的酸性环境被改变，比如频繁的性交、阴道灌洗等等，都可以导致阴道ph值升高不利于乳酸杆菌的生长。如果厌氧菌过度生长，则可以导致细菌性阴道病。

长期应用广谱抗生素，可以抑制乳酸杆菌的生长，如果真菌过度的增值也可以导致外阴阴道假丝酵母菌病；外源性的病原体，如阴道毛滴虫的侵入，可以导致滴虫性阴道炎。