甲型病毒性肝炎的潜伏期是2~6周，甚至有报道潜伏期可达到3个月。

如果人群感染了甲肝病毒后，刚开始可能会有急性的发热、肌肉酸痛等流感样症状，但是是一过性的。之后患者会处于无任何症状时期，这个时期就称为潜伏期，其实机体内已经有甲肝病毒。等甲肝病毒在机体内经过复制数量增多后，在肝脏内造成破坏，从而出现消化道症状，如纳差、恶心、厌油等，以及全身乏力等症状，甚至有部分患者出现黄疸等症状，这就是甲肝正式发病的情况。

从感染甲肝病毒到甲肝症状发病时的这一段时间称为潜伏期。在潜伏期内也可以进行甲肝抗体的检查，以明确是否感染了甲肝。