引起中耳炎鼓膜内陷的原因，可能是由于耳朵内部负压所导致的，而中耳炎会引起咽鼓管功能障碍。咽鼓管是耳朵通往外界的唯一通道，正常情况下，人体的咽鼓管可以起到调节耳朵内部气压的作用，使耳朵内部的气压与外界保持平衡。当中耳炎使咽鼓管受损时，就会失去了这种调节功能，外界的空气不能进入中耳，中耳内原有的空气就会慢慢被吸收，形成负压导致中耳炎鼓膜内陷。

还有的患者会在潜水、乘飞机或乘电梯高层的时候，也会导致耳内的气压与外界气压变化，影响咽鼓管功能。