流脓鼻涕、咳嗽时首先需要完善相关的检查，来明确病因和病情，例如血常规观察其白细胞计数是否有升高，胸部X线或CT检查判断是否有下呼吸道感染的情况。

如果只是细菌性鼻炎或鼻窦炎，因有流脓鼻涕导致上气道综合征，此类患者要予以抗感染治疗，有时联合氯雷他定和桉柠蒎肠溶软胶囊来改善流鼻涕症状。部分鼻窦炎患者还需要鼻部冲洗，甚至需要鼻内镜的手术治疗。

对于伴有下呼吸道感染的患者，例如急性支气管炎或是肺炎，需要根据情况予以相应抗感染、止咳、祛痰、雾化等综合的对症治疗。对于有流脓鼻涕伴有咳嗽的患者，有可能存在上呼吸道感染或下呼吸道感染，此时治疗上需要予以对症的治疗。