感染性疾病也会导致肠瘘，常见的感染性原因有以下几个：

第一，小肠炎症。小肠局部的炎症有可能会导致肠壁穿孔。

第二，消化道憩室。包括小肠憩室、麦克尔憩室以及结肠憩室，憩室内造成炎症，严重的也会导致憩室穿孔而致肠瘘。

第三，外伤并发感染或者腹腔脓肿。腹腔内的脓肿可以直接穿透肠壁，当其破溃后会引起肠瘘。

第四，炎症性肠病。在临床上比较多见的为克罗恩病。克罗恩病会累及肠道全层，也会造成肠瘘，包括内瘘和外瘘。