脐尿管囊肿经过及时治疗后，复发率很低，并且也很少会引起并发症。为了降低脐尿管囊肿复发率，在确诊以后应及时进行治疗。

如果脐尿管囊肿引起的症状较轻，并且伴有感染，应当进行保守治疗。通常使用头孢菌素类或青霉素的抗生素进行静脉滴注，能够消除炎症，减轻囊肿。也可以通过使用对乙酰氨基酚、布洛芬等药物改善疼痛的症状。

对于比较严重的脐尿管囊肿，可进行手术治疗，比如通过腹腔镜进行囊肿切除术。如果存在脓肿，在术后还需进行引流和抗感染处理。