轻度的肉毒中毒，只要积极地通过药物和对症方式进行治疗，并不会留有明显的后遗症。

但是，严重的肉毒中毒，没有经过积极的治疗，或者对于一些体质较差的人群、免疫力较低者，或者有明显原发基础性疾病的人群，会留有一定的后遗症。对于这一部分人群，患者通常会有神经系统的后遗症，还会出现消化系统的后遗症、循环系统的后遗症。

对于神经系统，主要会出现眼神经麻痹，例如患者有眼睑下垂、眼球活动障碍、斜视、复视。还有一部分患者会有头晕、头痛、周身肌肉乏力。另外，还有一部分患者会留有心律失常、心律不齐的后遗症。