直肠炎的治疗首先要明确病因以及直肠炎的分型，针对病因进行治疗，同时要进行相应的对症治疗，减轻患者痛苦。

由于细菌、病毒以及真菌入侵而引起的肠炎为感染性肠炎，治疗时要选择敏感的抗菌药物治疗，同时要服用肠黏膜保护剂，如果肠蠕动过于频繁，可以适当的使用止泻药对症治疗缓解腹痛。过敏性的肠炎要禁止食用引起过敏的食物，同时可以抗过敏治疗。

放射性肠炎要积极的预防感染，并且使用肠黏膜保护剂，顽固性的直肠炎还需要进行手术治疗。溃疡性直肠炎等直肠炎症，在抗感染治疗的同时，可以行保守灌肠治疗，中药制成的灌肠液有良好的疗效。