肛门失禁主要是肛门括约肌的收缩功能出现了障碍所引起的。引起肛门失禁的原因有多种，包括先天性因素、手术创伤以及肛肠疾病所引起。

有些患者从出生时就是肛门括约肌缺失，而引起先天性的肛门失禁，这种情况需要做手术。手术创伤通常见于做肛瘘手术、脊柱手术，会导致支配肛门括约肌的神经受到了损伤，而引起肛门括约肌的收缩关闭功能，出现异常而导致肛门失禁。

另外，肛肠疾病比如直肠黏膜脱垂，会导致肛门括约肌松弛。肠道内有炎症、反复刺激、排便次数增多、腹泻，也可以引起暂时性的肛门失禁。