阴天头疼有可能是焦虑症、抑郁症、偏头痛、紧张性头痛或者是风湿性疾病发作导致的。

有研究提示阴雨天可能对精神病患者造成不好的影响，容易诱发焦虑症、抑郁症，导致头疼、头晕、纳差、萎靡不振等症状。

另外，阴天的时候气压低、氧气含量少，可能会诱发偏头痛、紧张性头痛等神经血管性的头痛。风湿病也容易在阴天发病，虽然类风湿性关节炎的风湿病主要表现为手脚的关节疼痛，但是也可能会引起头疼的症状。

如果头疼在晴天的时候不发作，而只在阴天发作，要考虑以上这些可能。