功能性消化不良的危害包括身体健康以及心理健康的影响。

长期出现功能性消化不良可能会引起营养不良、体重下降，也可能会出现贫血。长期贫血不及时的纠正，有可能会引起机体的免疫力下降，导致患者出现反复的感染性疾病，比如消化道感染、泌尿系统感染、皮肤软组织感染以及呼吸系统感染，影响患者的身体健康。

心理健康主要是让患者产生焦虑、恐惧以及紧张、抑郁的精神状态，有可能会加重患者的消化不良症状，这样成了恶性循环，治疗起来更加复杂。