尿道癌的具体发病原因不详，但是和很多的临床有害因素有关。

大多数发生尿道癌的患者多有慢性的尿道感染，尿道持续的炎症会对尿道粘膜造成刺激，导致患者的尿道粘膜发生癌变。有些患者可能存在尿道憩室，可以导致患者发生反复的泌尿系感染，也容易促发尿道癌的发生。

有些患者可能有其他部位的恶性肿瘤，在对肿瘤进行治疗时可能接受了放射治疗，放射线会对患者的尿道粘膜造成损害，导致尿道粘膜发生变异，就有可能发生尿道癌。有些患者发生尿道癌还和吸烟、接触有害物质有关，大多数尿道癌是由多种致病因素导致。