轻微脑血栓所用的药物应根据患者的病情选择个体化的治疗，轻微脑血栓的患者可使用中成药物进行调理，例如大活络丸、血塞通片等，也可以选择中草药进行治疗。

轻微脑血栓的患者再发脑血栓的发病率要比正常人要高，建议患者发病后应立即启动二级预防，首先应服用抗血小板聚集的药物，其次应进行稳定斑块、调脂治疗，服用胞磷胆碱有助于改善预后。

基础病的治疗对于轻微脑血栓的患者具有关键的作用，应根据患者年龄和病情积极调整血脂、血压和血糖。