支原体感染的治疗主要是抗感染治疗。因青霉素类、头孢菌素类对支原体不敏感，临床上通常选用大环内酯类、四环素类、氟喹诺酮类抗生素抗感染治疗。另外，其感染部位不同，治疗方案的选择和疗程稍有不同，例如支原体感形成的支气管炎，通常需要使用上述药物抗感染治疗1周左右即可，但发生支原体的肺炎时，抗感染的疗程通常需要10-14天。对于由支原体感染引起的泌尿系统感染，通常选用氟喹诺酮类的抗生素抗感染2-3周。总之，支原体的感染对上述药物均比较敏感，早期予以合理有效的足疗程的抗感染治疗，配合必要的对症处理，疾病多能痊愈，预后良好。