牙根囊肿手术危险性较小，如果患者没有严重的全身性疾病，一般不会出现危险。

如果囊肿是长在前牙区，同时囊肿体积较小，则危险性较小，可以在门诊局麻下进行牙根囊肿手术。如果囊肿长在后牙区，邻近上颌窦，或邻近下牙槽神经管，则具有一定危险，建议患者住院进行手术，但是只要患者积极配合治疗，危险性也不会很大，一般预后都是良好。

如果牙齿牙根部有慢性炎症长期不愈，就会形成牙根部的囊肿，出现牙根囊肿要及时进行相应治疗。如果经治疗后囊肿没有明显缩小，甚至囊肿体积增大就需要进行牙根囊肿的手术切除。