代谢的异常可以引起偏头痛。

它是由瑞典的德哥尔摩卡罗林斯卡研究所的博士2015年进行的研究。关于脂质代谢与偏头痛的关系，研究当时的结果显示是脂质的水平是跟偏头痛的发作是有相关的。同时发现神经酰胺总的水平下降，以及有两类的鞘磷脂的上升，都会影响到偏头痛的发生。

目前关于这个理论仍然处正在研究的阶段，而且是小样本的研究，没有大规模的临床试验，故此结论尚未进入到临床指南中。偏头痛临床上常见的原因，大部分是疲劳、劳累、失眠、焦虑以及月经期的雌激素的水平的波动引起的。