虽然引起卵巢囊肿的原因特别多，但目前没有发现哪类卵巢囊肿可以通过打疫苗来进行预防，所以打疫苗不能预防卵巢囊肿的发生。

只有卵巢囊肿在出现以后，才能够根据具体的情况选择最佳的处理治疗方法，比如是生理性的黄体囊肿或者是普通的卵巢囊肿，但囊肿小于5厘米以下，而且没有出现囊肿破裂或者扭转现象，就没有必要做任何的处理治疗，既不需要手术，也不需要打疫苗，而是定期复查彩超就可以。

对于卵巢巧克力囊肿的女性，由于会引起进行性加重的痛经表现，可能会影响女性的正常怀孕，所以可能需要行手术切除治疗。