脑脓肿可能会有后遗症，但如果在疾病的早期能够积极有效治疗，使炎症得到很好地控制，患者的神经障碍可以得到及时有效地缓解，可以不遗留后遗症或者是仅仅是遗留轻微的后遗症。

如果脑脓肿患者没能及时对症治疗或治疗效果不佳，又或者是由于致病力较强的致病菌感染所引起的脑脓肿，则会遗留一些不同程度的后遗症。

患者主要表现为躯干、肢体产生感觉和运动功能障碍，也可能会伴有语言功能障碍。如果脑脓肿位于枕叶部位，还可能会对视力造成影响。此外，还可能会引起继发性脑积水或癫痫等后遗症。