宝宝睡觉的时候咳嗽，先要明确引起咳嗽的病因，再采取以下的方式治疗：

1.如果是鼻炎、鼻窦炎，由于鼻腔内的分泌物倒流入咽喉引起的咳嗽，可以应用生理盐水将鼻腔内的分泌物冲洗干净。应用鼻喷激素喷鼻，晚上睡觉时稍微抬高枕头可以缓解咳嗽。

2.过敏性引起的咳嗽。由于床上有毛绒玩具，枕头、枕套有螨虫等，接触过敏的物质需要清除室内的过敏原，同时给予服用抗过敏的药物，例如西替利嗪、氯雷他定等药物抗过敏治疗。

3.反流性食管炎引起的咳嗽，可给予抗酸药、保护胃黏膜药，多潘立酮等药物治疗。