灌肠可以用来治疗由炎症性疾病，导致的肛门失禁。炎症性疾病一般是指肛周脓肿等，肛门括约肌受到炎症刺激后，有可能发生功能障碍，从而导致肛门不完全失禁或完全失禁。

这时就可使用抗菌药物进行保留灌肠使炎症减轻，恢复肛门括约肌的功能，从而缓解肛门不完全失禁或完全失禁的病情。

但对于一些外伤导致肛门括约肌断裂，出现的肛门失禁，药物灌肠无明显的治疗效果，采取手术治疗才能缓解病情。