咽部肿瘤和囊肿的组织来源不同：咽部肿瘤尤其是恶性肿瘤属于变异的细胞，囊肿大多是正常细胞发生了形态的改变。

咽部肿瘤和囊肿对人体的损害程度不同：咽部肿瘤的生长速度比较快，可以呈浸润性的生长，对周围组织会产生比较大的破坏。囊肿的生长速度比较慢，主要以局部压迫症状为主。

咽部肿瘤可能会出现周围和全身性的转移，可以缩短人的寿命，无法治愈。囊肿不会发生转移，大部分囊肿不会影响人的正常寿命，手术后可以彻底的治愈。