慢性结肠炎的诊断，需要根据疾病的原因、疾病临床表现，以及相关的实验室检查结果来确定。如果该疾病明确有感染因素、滥用抗生素，以及过敏因素，并且患者有出现反复的慢性腹泻以及腹痛，有出现恶心、呕吐、食欲下降等症状。

通过纤维结肠镜检查，明确肠道黏膜有多发性的糜烂，或者浅表性溃疡、肠黏膜充血、水肿症状较为明显时，可以明确该疾病的诊断。

通过纤维结肠镜的检查，可以更直观地观察到肠腔内情况。部分患者还可能需要做粪便检查，包括粪便的培养，以及大便的常规检查。