肛瘘反复发作的原因主要为以下几点：

1.在手术的过程中，肛瘘内口没有找到或者内口所处的位置没有得到及时有效的处理，这样就容易造成肛瘘的复发。肛瘘多数是由于肛腺感染或者肛窦炎感染所导致的。在肛瘘手术的时候很难将全部的内口找到，并且全部消除掉，致使部分的内口仍然存在，而肠腔内容物还是会通过内口进入到瘘管内，造成肛瘘复发感染。

2.因为患者需要排尿、排便，致使肛门部位不能静养，脓腔也很难愈合，导致肛门括约肌长时间处于痉挛的状态，容易造成肛瘘复发。

3.脓腔引流不畅，或者肛外口出现缩小的情况，致使脓液不能完全排出，积存于腔内，这样就容易造成脓肿再次出现并且穿破，致使新的漏道形成，诱发肛瘘。