严重的肠炎可以引起严重的全身感染、水电解质平衡紊乱、严重的胃肠道功能紊乱以及诱发恶性肿瘤等。

细菌性的肠炎通常以感染症状为主，可以引起腹痛、腹泻以及发热等全身症状。如果不及时进行抗生素治疗，一些抵抗力差的患者可能会出现脓毒血症、菌血症，甚至感染性休克等严重并发症。

病毒性的肠炎通常以腹泻症状为主，一旦确诊后，需要及时的口服或者静滴补液治疗，防止水电解质酸碱平衡的紊乱。慢性的肠炎、溃疡性的结直肠炎等疾病通常病程较长，容易刺激形成肠道息肉，甚至恶变形成肠道癌症，危及生命。