瞳孔检查存在阴影，可能有以下几种情况：

1.经瞳孔检查后，可见瞳孔周边有阴影组织异常增长，多为虹膜或者角膜上的病变，例如虹膜色素痣、角膜混浊、角膜瘢痕、翼状胬肉等。大多需要通过手术切除良性增生，部分角膜瘢痕则需要通过角膜移植才能够彻底解决。

2.部分患者瞳孔检查的阴影为玻璃体病变，玻璃体发生混浊后，可出现暗影、漂浮物等症状。可根据具体病变原因给予营养药物支持，规律作息和保护用眼，严重病变则需要手术治疗。