注射用核黄素磷酸钠为核黄素补充剂，可以用于核黄素缺乏引起的口角炎、唇炎、舌炎、眼结膜炎，及阴囊炎等疾病的治疗，可以进行皮下、肌内注射或静脉注射。

因甲氧氯普胺可降低本药的吸收，故不宜与核黄素磷酸钠合用。本药对妊娠的影响尚不明确，本药可分泌入乳汁，但哺乳是安全的。

大量使用本药后尿液呈黄色或黄绿色，也可引起类似甲状腺功能亢进的症状，对本药过敏者要禁用。