查加斯病的传播途径是锥虫叮咬皮肤或结膜等入侵，但少部分也可以经输血或先天性途径获得，但后两种途径比较少见。

从皮肤入侵者，局部产生皮下结节；从结膜入侵者，可以出现结膜炎、眼膜水肿以及合并局部淋巴结肿大。虽然感染后潜伏期有20多天，此时患者大多没有明显的症状，部分患者可以出现发热、皮疹、肝脾肿大、淋巴结病以及非炎性水肿。

感染干预后出现虫血症期，或以后锥虫进入组织引起发热、肌痛、淋巴结肿大、肝脾肿大、心肌炎、心内膜炎、心律失常、心脏瓣膜关闭不全、充血性心力衰竭；神经系统受到累及，可以出现脑膜炎。