三岁的孩子经常半夜哭，考虑是以下的疾病：

1.消化不良。由于孩子吃的食物很杂、进食量比较多，经常进入一些膨化的零食容易导致消化不良，引起胃部隐痛、胀气，所以导致半夜睡不好、经常哭闹。

2.孩子肠道内有寄生虫会引起肚子疼痛。在晚上睡觉时肛门瘙痒、半夜经常哭闹。

3.佝偻病。体内缺钙比较严重会形成佝偻病，就会导致睡觉不踏实、经常晚上睡觉哭闹。

排除上述的原因，也可能是环境因素，比较闷热或者太冷，孩子觉得不舒服也会经常晚上哭闹。