肺部真菌感染的确诊，通常需要针对患者的病情和特点，完善微生物学或组织病理学检查来确诊。例如通过痰培养、血培养有相应的真菌存在，特别是有非酵母菌的丝状真菌阳性。

还常通过支气管镜局部气管的刷检、肺泡灌洗以及气道肉芽组织的病理活检，以找到真菌存在的依据或病理组织学的依据。

部分患者还需要通过有创的方式取病理活检，例如经皮肺穿刺活检或胸腔镜局部活检。

在临床上还常联合行G试验、GM试验、乳胶凝集试验以及相应的临床症状、危险因素等，综合地来确诊是否有肺部真菌的感染。