嗓子疼的情况下进行病毒的核酸检测不会有影响。

核酸检测主要指的是专业的医生通过使用一次性棉棒等工具，收集患者咽喉部位的分泌物，对分泌物进行检查，观察分泌物内是否有病毒存在的情况，这是一种检测病毒的比较准确、快速的方式，病毒的检测与咽喉是否疼痛并没有明显的关系。

嗓子疼痛多数是由于急慢性咽喉炎或急慢性扁桃体炎等细菌性炎症感染引发，对核酸检测的结果没有过大影响。如果患者对核酸检测的结果有怀疑，可以选择进行二次核酸检测，也可以进行血液检测来进行辅助判断。