肛门疼痛能使用麝香膏，但是具有一定的选择性。比如疼痛是由于痔疮或者肛裂等疾病所引起，可以使用麝香膏，可以起到一定的止疼效果，并且具有一定的消炎、止血功效。

但是肛门的疼痛如果是由于肛门周围脓肿等感染性疾病所引起，单纯地使用麝香膏起不到根本性治疗作用。另外，肛门处的疼痛如果是肛内的一些增生性疾病所引起，比如距离肛缘比较近的息肉发生了脱出，受到肛门的卡压，或者是肠道内的肿瘤刺激肛门周围出现疼痛，导致肛门局部神经受到损伤所产生的肛门疼痛，使用麝香膏是没有治疗效果的。

所以，肛门有疼痛首先是明确诊断，然后再进行对因、对症的治疗。