先天性结肠闭锁的患儿应在纠正水电解质紊乱及酸碱平衡失调后，立即手术治疗。对于手术术后护理方面，因为此病多发于新生儿期，相对护理比较困难。在手术后围手术期，通常都需要新生儿进入新生儿室进行特殊护理，例如可能进入保温室内吸氧等，尽量保持在相对无菌环境下等，合理给予用药等。

在愈后护理方面，主要是在饮食方面进行护理，主要是需要科学的喂养方法，给予患儿提供合理、均衡、全面、充分的营养。之后定期观察，每半年复查一次。