基质性角膜炎临床表现为眼睛痛、畏光、流泪，视力明显下降。睫状充血。急性期角膜呈灰白色毛玻璃样混浊，常弥漫成片或累及全部角膜，但不形成溃疡。可伴有深部的新生血管。伴或不伴有角膜内皮后沉着物。随病情进展，出现角膜基质的深层的新生血管。可伴有或相继发生不同程度的虹膜睫状体炎。重者可有前房积脓。如果是由梅毒引起的，可伴有其他体征如鞍鼻、唇角皲裂等等，血清华-康反应多呈阳性改变。慢性期角膜深层浑浊或瘢痕，幻影血管，角膜基质变薄。