病理性肠瘘治疗之前，首先需要先确定原发病因是什么，需要在治疗原发病的同时处理肠瘘。肠瘘的原因主要是消化系统手术、创伤、骨折、腹腔感染、恶性肿瘤、放射线损伤、化疗以及肠道炎症与感染性疾病等方面。

治疗分为保守或者手术等方式。保守治疗主要是以用药物治疗，同时促进局部切口愈合，达到治疗的目的。如果长期不愈合，甚至出现逐渐加重等情况，需要通过手术进行肠道吻合手术处理。

治疗期间需加强营养，提高机体抵抗能力，并定期的复查。