宝宝打完防疫针第三天发烧，主要根据发烧的程度、伴随症状等不同采取不同措施。

如果发烧较轻、体温没有超过38.5℃，同时没有伴随其他症状，一般考虑是打防疫针后正常的不良反应。一般不用特殊治疗，注意监测宝宝的体温，可以使用温水擦浴，一般1到2天可以自行痊愈。

如果发烧较高，超过38℃，伴有咳嗽、鼻涕、咽喉肿痛等情况。首先需要根据医嘱使用退烧药。其次需要检查血象，如果合并细菌感染需要使用抗生素，咳嗽严重的需要使用止咳药等。