甲状腺微小乳头状癌发生的原因包括以下几种：

1.遗传因素的影响，是导致甲状腺微小乳头状癌发生的重要因素之一。

2.放射线的影响，对甲状腺正常细胞的刺激作用，可能会导致细胞恶变，最终发展形成微小乳头状癌。

3.机体的甲状腺存在慢性炎性疾病，也可以导致微小乳头状癌的发病率增加。

4.甲状腺微小乳头状癌的发生，还与体内碘元素异常有关，无论是碘元素缺乏或者是碘元素过量，都有可能诱发甲状腺微小乳头状癌发生。