甲型流感和乙型流感的区别很多，本质区别是因为内部抗原、核蛋白抗原不同，可以通过病原学检查进行鉴别。

乙型流感病毒通常只影响人类，一般引起季节性流行。而甲型流感可以感染人类和动物，易引起禽流感和猪流感的大流行，所以甲型流感病毒常容易引起大流行。乙型流感病毒只是引起流行和散发，相对传染性较轻。

而且，甲型流感病毒的症状也较重。此外，甲型流感相对更容易出现变异，主要是血凝素H和神经氨酸酶N的变异，更容易产生新的亚型，所以一般很难有针对性的药物。