若牙周脓肿初期脓肿未形成，只有淤血，需要对牙周袋内大块的牙结石进行清除，冲洗牙周袋，并在牙周袋内上药，促进炎症、淤血的消散。

当牙周脓肿末期脓肿、淤血形成后，需要进行脓肿切开、冲洗脓腔、放置引流条、局部上药，脓肿切开操作时常选择从牙周袋内或牙龈表面切开、引流，对牙周脓肿进行彻底的冲洗，若牙周脓肿疼痛剧烈，则可使用止痛药等。

若牙周脓肿是牙周炎发展到晚期，形成深牙周袋的伴发症状，位于牙周袋壁、牙周结缔组织深部的局限性化脓性炎症。